時間：2022-08-24
中國臨床腫瘤學(xué)會（CSCO）腫瘤生物標志物專家委員會發(fā)布的第1個NGS臨床應(yīng)用調(diào)研顯示，大于30%的腫瘤科醫(yī)生每月NGS檢測量超5個，而中國超90%臨床醫(yī)生需要NGS報告解讀，二代測序臨床報告解讀專家組基于此現(xiàn)象于2020年出具了《二代測序臨床報告解讀指引》。 本期泌言以真實的前列腺癌基因檢測報告為例，參考《二代測序臨床報告解讀指引》、《二代測序技術(shù)在腫瘤精準醫(yī)學(xué)診斷中的應(yīng)用專家共識》，介紹報告組成，便于需要大家更好地了解腫瘤基因檢測報告。
前列腺癌是男性常見的惡性腫瘤，也是全球男性癌癥死亡的第六大原因。隨著前列腺癌精準治療的循證醫(yī)學(xué)愈加豐富，前列腺癌基因檢測共識、CSCO前列腺癌診療指南、NCCN指南等國內(nèi)外指南共識均表明前列腺癌基因檢測應(yīng)用的價值。接下來，小U帶領(lǐng)大家快速了解一下腫瘤基因檢測報告的形式和內(nèi)容。 首先，獲得基因檢測報告的周期有多久？通常在樣本采集運輸，等實驗室收到樣本后7-10個工作日。在拿到一份基因檢測報告前，它會歷經(jīng)一系列的檢測流程，最終交付給患者和他的主治醫(yī)生。因為腫瘤基因檢測報告涉及患者隱私，因此患者或患者家屬拿到的報告都是密封好的腫瘤基因檢測報告，未經(jīng)患者允許其他人不可查閱。 基于NGS技術(shù)的基因檢測流程可以分為6個環(huán)節(jié)，即樣本獲取及處理、核酸抽提、文庫構(gòu)建、 上機測序、數(shù)據(jù)分析、變異解讀及臨床檢測報告出具。 腫瘤基因檢測報告形式各檢測機構(gòu)并不統(tǒng)一，整體內(nèi)容包含：基本信息，基因檢測結(jié)果匯總、變異解析、證據(jù)等級、質(zhì)控參數(shù)、基因列表等。 基礎(chǔ)信息 首先，報告內(nèi)頁基本信息會匯總送檢患者的信息：腫瘤類型、既往診療史、期望的檢測目的、樣本類型、采樣日期、檢測內(nèi)容、報告日期等。這些信息對于報告流程、后續(xù)臨床醫(yī)生進行基因檢測報告的解讀、后續(xù)治療方案的制訂很關(guān)鍵。 示例：溫馨提示，根據(jù)國家相關(guān)指南及共識，可用于實體腫瘤體細胞基因突變檢測的樣本類型優(yōu)先選用新鮮組織標本，也可以選用甲醛固定-石蠟（FFPE）樣本、血漿、胸腹水等。2021CSCO前列腺癌診療指南中以制訂治療決策為目的的基因檢測，推薦內(nèi)容如下： I級推薦 II級推薦 III級推薦 患者類型 轉(zhuǎn)移性前列腺癌 基因 類型 同源重組修復(fù)相關(guān)基因 錯配修復(fù)及其他DNA修復(fù)相關(guān)基因 其他與前列腺癌治療及預(yù)后相關(guān)基因 檢測 類型 腫瘤+胚系a 腫瘤+胚系 腫瘤 樣本 類型 腫瘤組織+血漿ctDNA樣本+胚系標本 腫瘤組織+血漿ctDNA樣本+胚系標本 循環(huán)腫瘤細胞(CTC)或腫瘤組織或血漿標本 a : 腫瘤+胚系是指需要對腫瘤樣本（組織或ctDNA）進行檢測，同時還需要對血液樣本（白細胞或正?？谇火つど掀ぃ┻M行胚系基因變異檢測。 檢測結(jié)果總匯 依據(jù)目前前列腺癌精準治療的研究進展，基因檢測的意義體現(xiàn)在臨床用藥指導(dǎo)（包括靶向藥物、免疫藥物、化療用藥的指導(dǎo)）以及遺傳風(fēng)險、預(yù)后的評估，一般會把檢測結(jié)果的匯總放在報告前面，患者及其家屬可以整體閱覽上述功能（靶向、免疫、化療、遺傳、預(yù)后）相關(guān)基因變異檢出情況，再根據(jù)證據(jù)等級“A-B-C-D”的優(yōu)先級逐一查閱。 以上圖的模擬報告為例，在靶向藥物相關(guān)基因中，檢測出BLM、BRCA2以及AR基因突變，依據(jù)證據(jù)等級，小編習(xí)慣優(yōu)先查看“A證據(jù)等級-BRCA2-PARP抑制劑敏感?！绷砘谕粗亟M修復(fù)缺陷（HRD）評分，對于PARP抑制劑推薦程度為強推薦。（申瑞生物-前列腺癌cfDNA樣本HRD評分系統(tǒng)的專利軟著，HRD評分使得更全面的評估PARPi獲益人群） 變異解析 根據(jù)檢測結(jié)果匯總，找到報告對應(yīng)的基因變異解析，以AR為例，從解析中可知“雄激素去勢治療（ADT）、新型內(nèi)分泌治療均是以AR通路為靶分子”，如模擬報告所示，檢出AR基因變異，其變異位點為c.G2226C:p.W742C，根據(jù)專業(yè)生信分析及數(shù)據(jù)庫的檢索，提示患者對新型內(nèi)分泌治療藥物阿比特龍/恩扎盧胺可能耐藥，證據(jù)等級B。報告中的變異解析目的是幫助理解檢出結(jié)果，并將檢測出的生物信息轉(zhuǎn)化為臨床信息。 注意 最終用藥指導(dǎo)請以主治醫(yī)生結(jié)合患者情況、治療情況、生化檢測、影像評估、病理診斷等綜合決策為主。 證據(jù)等級 注：胚系變異-來源于父母生殖細胞，可通過生殖細胞繼續(xù)遺傳給子代；腫瘤體細胞變異-機體細胞后天產(chǎn)生的基因變異（https://mp.weixin.qq.com/s/zYjnViaCr7uFEZPNLVagFA） 根據(jù)2017年AMP/ASCO/CAP聯(lián)合制定的體細胞變異解讀指南，體細胞變異在不同癌種中對應(yīng)的藥物敏感性證據(jù)分為四個等級。如圖，A等級（證據(jù)等級最高）主要基于NMPA/FDA或其他國家藥監(jiān)部門批準，專業(yè)臨床指南（如CSCO指南、NCCN臨床實踐指南）推薦，其他B/C/D證據(jù)等級來源詳見解析。 表格來自于《二代測序報告解讀指引》 對檢出的胚系突變，應(yīng)參照ACMG推薦的胚系突變解讀流程進行注釋及解讀,基于當前證據(jù)，胚系變異的致病性分為5級：5級，致??；4級， 可能致??；3級，意義未明（VUS）；2級，可能不致?。?級，不致病。僅有4/5級胚系變異具有相應(yīng)的臨床 指導(dǎo)價值。比如談及PARP抑制劑與BRCA1/2胚系 突變的相關(guān)性，或BRCA相關(guān)卵巢癌?乳腺癌的風(fēng)險評估，均默認僅針對4/5類BRCA1/2突變。 質(zhì)控參數(shù) 每份報告都會提供本次檢測主要質(zhì)控參數(shù)，對于未達到質(zhì)控質(zhì)量的樣本會全部退樣或重新送樣，保證報告的可讀性和可信度。 以上是腫瘤基因檢測主要包括的內(nèi)容，根據(jù)不同NGS panel的可報告范圍，一份NGS陽性報告中的變異可能有多有少，對于不同情況，臨床醫(yī)生會采取不同的解讀邏輯流程，患者拿到檢測報告后要咨詢專業(yè)醫(yī)生。 本次對腫瘤基因檢測報告作了初步介紹，如發(fā)現(xiàn)編輯有誤/想了解更多關(guān)于前列腺癌或者泌尿系統(tǒng)腫瘤基因檢測報告的信息，可后臺留言。 小貼士 ●
ctDNA（circulating tumor
DNA）：循環(huán)腫瘤DNA，是外周血中攜帶一定腫瘤特征（如SNV、插入/缺失突變、重排、CNV等），來自腫瘤基因組的
DNA片段。主要來源有凋亡或壞死的腫瘤細胞、 循環(huán)腫瘤細胞（CTC）以及腫瘤細胞分泌的外泌體 ● SNV：單核苷酸變異，是基因組上部分區(qū)域發(fā)生的點突變。SNV是最常見的變異類型。 ● CNV：拷貝數(shù)變異 ●TMB（tumor mutation burden）：腫瘤突變負荷，是指腫瘤基因組編碼區(qū)每百萬堿基中的體細 胞非同義突變個數(shù)。理論上TMB越高，可能被T 淋巴細胞識別的新抗原越多，免疫檢查點抑制劑療效可能越好 ● MSI：微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 ● MSI-H：高度微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 ● 基因融合：是指兩個基因的全部或一部分的序列相互融合為一個新的基因的過程。融合基因的表達產(chǎn)物為融合蛋白。 ● ctDNA：循環(huán)腫瘤DNA，是指腫瘤細胞體細胞DNA經(jīng)脫落或者當細胞凋亡后釋放進入循環(huán)系統(tǒng)，是一種特征性的腫瘤生物標記。 ● 突變豐度：是指某個基因位點所有的等位基因中，突變的等位基因所占的相對比例，即等于突變型/（突變型+野生型）； ● “c.”指堿基序列，“p.”指氨基酸序列； ● 縮略詞：del 表示缺失；ins 表示插入；indel 指插入缺失；dup 表示重復(fù)；fs 表示移碼；X代表終止突變； ● 錯義突變：c.C1100A: p.T367N ，表明該基因在第1100 位堿基處由C堿基變異為A堿基，導(dǎo)致其第367位氨基酸由蘇氨酸（T）變?yōu)樘於０罚∟）； ● 移碼突變：c.2320delA: p.I774fs表示在2320位堿基A缺失后，第774位氨基酸后的編碼都發(fā)生改變 ● 無義突變：c.C112T: p.Q38X 表示在112位的堿基C變異為T后，第38位氨基酸由谷氨酰胺（Q）變成終止密碼子 ●
HRD：同源重組修復(fù)缺陷，HRD會產(chǎn)生特定的、可量化的、穩(wěn)定的基因組改變，可通過建立基于基因組特征分析的評估體系來預(yù)測腫瘤HRD狀態(tài)及其程度，已成為晚期卵巢癌患者臨床應(yīng)用PARP抑制劑的新型生物標志物，也可能對乳腺癌、前列腺癌等腫瘤的PARP
抑制劑和鉑類藥物的臨床用藥具有指導(dǎo)價值。 參考文獻： 1.《二代測序臨床報告解讀指引》 2.《二代測序技術(shù)在腫瘤精準醫(yī)學(xué)診斷中的應(yīng)用專家共識》 3.NCCN Guidelines Version 1.2022 Prostate Cancer 4.2021年前列腺癌CSCO診療指南 5.《醫(yī)學(xué)分子生物學(xué)》 說明：本期內(nèi)容如有錯誤，請至公眾號平臺留言，敬請批評指正，屆時我們將于下期進行更正聲明。
申瑞生物
申瑞精準醫(yī)療
正則醫(yī)學(xué)
博實生物
無錫市申瑞生物制品有限公司
